ตั้งอยู่บนเขาลูกเล็กในพื้นที่ตำบลวังหิน ห่างจากตัวจังหวัดประมาณ 56 กิโลเมตร ตามทางหลวงหมายเลข 333 สายอุทัยธานี-บ้านไร่ มีทางแยกซ้ายเข้าทางหลวงหมายเลข 3213 ไปประมาณ 1 กิโลเมตร วัดอยู่ทางขวามือ

ถ้ำเขาตะพาบอยู่สูงจากระดับพื้นประมาณ 10 เมตร ในบริเวณเดียวกันมีถ้ำอีกหลายแห่ง ทางด้านหน้าของถ้ำได้สร้างพระพุทธรูปและจัดเป็นเขตสังฆาวาส ส่วนถ้ำที่อยู่ด้านหลัง เลี้ยวขวามือเป็นถ้ำท้องพระโรง ถ้ำแก้ว ถ้ำปราสาท และถ้ำเรือ เป็นต้น หากเลี้ยวซ้ายจะพบทางออกด้านหลังซึ่งเป็นทางไปสู่ถ้ำลึกที่มีบันไดลงไปถึงก้นถ้ำ ตรงอุโมงค์หลังถ้ำมีหินรูปร่างคล้ายตะพาบ และเคยพบเครื่องมือหินสมัยก่อนประวัติศาสตร์ ถ้ำทุกแห่งมีไฟฟ้าส่องทางเพื่ออำนวยความสะดวกในการเข้าชมและมีค้างคาวอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก